牙周炎和牙齦萎縮，就像一對連體嬰兒，存在著必然的因果關系。因此連許多口腔科專業醫生，也未必能說明是先有牙周炎，還是先有牙齦萎縮，牙齒黃金專傢組通過多年的研究發現，牙齦萎縮是引起牙周炎的直接原因。
早期的輕微牙齦萎縮，會導致緊密包裹牙齒的天然屏障出現縫隙，成為牙石進入齦下的缺口，牙齦與牙齒之間出現縫隙，等於牙周組織（主要是包裹牙根的牙齦組織——內牙齦的萎縮）的保護屏障被打開，牙石漸漸向牙根深處滋長，稱為“齦下結石”。這些齦下牙石成為口腔中各種細菌（尤其是厭氧菌）滋生的溫床，不斷滋生的牙周病菌直接侵襲牙周組織引發牙周炎。而牙周炎又會反過來加劇牙齦萎縮的惡化，加速牙槽骨被吸收，這種相互關系的惡性循環，導致牙齦水平下降、牙縫增大、牙根外露、牙齒松動，其結果不僅是摧毀牙齦健康，毀滅牙齒。也正因如此，很難分清究竟是牙周炎引起瞭牙齦萎縮，還是牙齦萎縮引起牙周炎。
同時因為口腔科一直無法解釋牙齦萎縮是如何形成的，隻知道是由於牙齦缺乏維生素C。由於牙周炎和牙齦萎縮正如我們前面所描述的如孿生兄弟的關系，所以，幹脆將牙齦萎縮歸咎於是牙周炎引起的，顛倒瞭牙周炎和牙齦萎縮的因果關系。所以，口腔科通常將牙周炎的形成，歸咎於口腔清潔習慣不好喝刷牙方式不對，從而不可避免的墜入瞭對牙周炎成因認識的誤區。目前對於牙周炎起因源自口腔清潔習慣和刷牙方法不對的結論，卻明顯難以解釋以下現象：為什麼許多甚至從不刷牙的人，也不會出現牙齦萎縮？
還有一個隨處可見的現象，就是通常對刷牙有抵觸，刷牙方法和治療明顯都比成年人差的青少年，卻幾乎不會出現牙周炎和牙齦萎縮呢？而對於已經出現牙周炎並高度重視，已經很認真去刷牙的成年人，卻無法避免牙周炎持續惡化呢？以上事實證明，口腔清潔習慣及刷牙方法，明顯不是引起牙周炎的主要原因，隻能算是一種誘因，引起牙周炎的真正原因是牙齦萎縮，正因如此，也決定瞭單憑刮治和刷牙，是無法令牙周炎消失的。
